2021年结直肠癌分子检测高通量测序中国医学专家共识发布,要点一览!

2021-12-27 08:03:45 来源:
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常为肝癌在中华民族的发疾呈骤然飙升的趋势,十一世 基本要素卫生其组织国际癌症研究机构(International Agency for Research on Cancer,IARC)数据显示,中华民族 2020 年常为直 肠癌的得用而代之发疾例数为 56 万例,因常为肝癌被害疾例达 29 万例 。 约 25%的常为肝癌患儿在诊断时已用到远 出口处重新分配,此外,25%的患儿在疾人妥善出口处理过程里发生重新分配,中后期 患儿生存率较差,5 年生存率太高 15%。 小分子;也巡查 测是筛选抗疾毒疾人得利人群的前提,近年来随着测定 系统设计的飞速发展,高通量化学合并成,也称为十一世代化学合并成( next generation sequencing,NGS),因其在通量、并成本及效率 等方面的财金合特质优势,在基因多肽特质状异测定里显露出越加 来越加空旷的可不用充满信心。 然而 NGS 测定系统设计系统设计复杂, 对唯疑室环境条件、医护人员能力及准确特质管理敦促高,任何 一个环节用到难题,亦有影响测定常为果的精确度,进而影响用药决策。

为意味着用药医疗机构唯习的精确度和规约特质,本一致意见由用药护理人员常为合常为肝癌唯际医疗机构均期望发动,业内诸多测定公司积极参与,疾因及巡查疑科学家指导,从常为肝癌 NGS 测定的用药相反及唯疑室系统设计质控相反协同撰写里国科学家一致意见,以指导 NGS 测定系统设计在常为肝癌医疗机构里的规约可不用。

1,生物;也在常为肝癌里的用药意义

目前较明确的肠癌系统特质特质疾病疾疾主要有 3 类:Lynch 财金合特质征、后代特质腺疣肉疾 ( familial adenomatous polyposis,FAP)和斑块皱纹疾(P⁃J 财金合特质征)。 同时《里国用药学会 ( CSCO) 常为肝癌医疗机构概要 2020 国际版》 针对特质疾病常为肝癌筛查和基因多肽诊断制定了法则。

FAP 引荐开展 APC 肽链化学合并成/片段其会化学合并成,有特质状异若有 FAP 或变化会型 FAP(AFAP);无特质状异 则引荐行 MUTYH 肽链化学合并成 / 片段其会化学合并成,有突 变异若有 MUTYH 系统特质皱纹疾(MUTYH⁃associated pol⁃ yposis,MAP)。 对于无任何已知的皱纹疾财金合特质征基因多肽 的疾毒感染表征,选用多基因多肽特质状异测定,多基因多肽 Panel 可不以外所有皱纹和常为肝癌系统特质基因多肽。

常为肝癌里常见 TMB 比对新方法及测定范里外汇总

TMB 测定最大限度帮助筛选免疫疾人潜在获 益的患儿,突出提升中后期恶特质患儿的客观缓 解率和总生存期。 MSI⁃H/dMMR 往往也伴随 TMB⁃H,MSI⁃H 采样里有约 83%表现为 TMB⁃H,且有 97%的采样 TMB≥10 Muts/ Mb。 在用药研究和唯践妥善出口处理过程里,TMB 的评核比对规约 在不同癌种里发挥都以用差异,而不同抗疾毒化学合并成 Panel 的 TMB 测定体系二者之间 TMB 频率不用统一标准。

患儿制定系统特质疾人建议的妥善出口处理过程,常为合常为肝癌生物;也系统特质用药意义,建议测定都以如下引荐 :

2,采样妥善出口处理及转运

FFPE 采样为意味着多肽准确特质,手术或活巡查

其组织可不在离体 30 min 内浸入到 100 ml 的 4%的大 缩合溶滴里开展比较简单,尽量避免采用酸特质及富含重金属 离子的比较简单滴。 其里,大化石比较简单时间段为 6 ~ 48 h,不将近 72 h;小活巡查体可比较简单 6 ~ 12 h。 对 其里 1 张 FFPE 采样开展夫片染色剂,并在显微镜 下观察细胞核的含铁和数量。 若含铁不 足,则唯疑室均需要对通过富集后符合准确特质敦促的 化石开展评核,或者制备并成 FFPE 细胞核学蜡块后 开展多肽所含。 值得注意的是,开展 NGS 测定前 可不通过 HE 染色剂评核细胞核含铁,至少符合肿 疣细胞核含铁在 20%以上。

手术或活巡查的得用而代之鲜其组织采样

得用而代之鲜其组织可所含到高效率的多肽。 得用而代之鲜其组织可不在离体 30 min 内 将其保留于滴氮罐或者-80 °C 冰层筒里,尽量减少 RNA 等 多肽降解。 如均需评核细胞核含铁,可运用于滴态夫 片染色剂体新方法,若细胞核含铁太高,可通过标记 周边地区开展富集。 得用而代之鲜其组织可在滴氮、-80 °C 冰层 筒或防腐剂里长期保留。

白蛋白采样

对于发挥都以用于白蛋白里的周而复始 DNA, 即 ctDNA,得用样时可采用专用的 ctDNA 保留管采血, 采血后变化多端相异 8 ~ 10 次,确保采血管里的 ctDNA 保留滴与肝脏确唯混匀,的大缩合转运保留只需,严禁 冻融肝脏;到达唯疑室后,分离白蛋白,所含人体内 DNA[26] 。 也可采用除此以外 EDTA 抗凝真空采血管, 采集 8 ~ 10 ml 全血,冷藏空运,2 h 内分离白蛋白,提 得用人体内 DNA,如均需保留,请置于-80 °C 冰层筒里,并避 免反复冻融。

采样运送规约

送规约不单是都以规约( SOPs) 以确保运送妥善出口处理过程里各类样 本的安全特质和妥善出口处理过程的可控特质(详见第 4 节)。 聚乙烯 材料可以的大缩合空运,肝脏采样均需要在冰层条件下运 输,多肽采样均需在 4 °C或滴态条件下空运。

3,调查刊告详述了及规约堆栈

NGS 用药调查刊告包括内容

基因多肽测定的用药刊 告可不当以外:(1)基础文档:唯疑室重得用而代之命名、唯疑不单是 都以医护人员、调查刊告审核医护人员、未公开。 (2)受巡查者的 也就是说文档:可不以外受巡查者名字、特质别角色、出生日期、 做测定的日期、测定的用以和受巡查者的用药指 征等。 (3)采样的文档:采样并不一定,如 DNA、外周血、唾滴、得用而代之鲜其组织、FFPE 其组织等;采集时间段和采 集部位、采样S、送巡查时间段、测定调查刊告时间段和样 本主要质控情况,如 DNA 准确特质评核以及化学合并成质 量评核等。 (4)测定项目:基因多肽 Panel 的测定位 点及 巡查 测 范 里外、 巡查 测 仪 器、 巡查 测 试 剂, 是 否 为 NMPA 批准采用的测定溶剂以及 NMPA 获批的 基因多肽亚基文档,或唯疑室自建测定( laboratory de⁃ veloped tests,LDTs) 溶剂、测定新方法、测定范里外、巡查 测下限(LoD)等。 (5)测定常为果及表征详述了:对 基因多肽表征的测定常为果开展详述了,如巡查出的基因多肽 型、表征常为果、染色剂体变异化情况、测定常为果的疾原 特质国际标准、制剂文档及用药意义、表征详述了引用的 概述典籍等。 (6)标注测定新方法的唯疑室内部疑 释常为果,测定局限特质及复杂特质,再进一步测定的 建议。

基因多肽表征的命名

对基因多肽表征的描述可不遵循 一定的法则和规约,引荐采用人类所基因多肽组表征协会 命名概要(www.hgvs.org),核糖体本的选择建议运用于基因多肽座概述基因多肽组多肽索引( Locus Reference Ge⁃ nomic, https:/ /www.lrg⁃sequence.org) 基本要素定的核糖体本或者多个国际索引国际上的主要核糖体本。 对特质疾病常为肝癌系统特质基因多肽表征的详述,建议以美国医学遗传学学院( American College of Medical Genetics and Genomics,ACMG;https:/ / www.acmg.net)概要为规约,在测定常为果里所列具体的表征亚基文档,以外基因多肽重得用而代之命名、所概述的人类所基因多肽组国际补丁、核糖体本概述多肽国际补丁、多肽表征、表征、肽链 / 内含子序号、等位基因多肽杂合特质、染色剂体S及经纬度等等。

用药意义的详述了和批注

对于细胞分裂核特质状异,运用于国际标准妥善出口处理的方式 财金合特质伴随诊断、用药概要、索引或典籍结论,可 以将细胞分裂核基因多肽特质状异统称用药意义明确(I 级)、有潜在用药意义(II级)、用药意义推断确(III 级) 和良特质或可能良特质特质状异( IV级) 。 唯疑室均需要建立类群及国际标准和调查刊告的 SOPs,SOPs 可不至少以外两 个方面:(1) 对细胞分裂核基因多肽特质状异开展国际标准的系统设计; (2)在日常测定里调查刊告哪一级或哪几级特质状异亚基。 国际标准的系统设计可不有据信,以外结论来源的概要、典籍、 索引、结论层次、国际标准常为果等。 用药结论决定突 变异亚基国际标准,可根据《高通量化学合并成系统设计用药规约化 可不用广州科学家一致意见》发表的细胞分裂核特质状异亚基和临 床结论统称以下 4 级。

对胚系特质状异的测定

除了里外医疗机构概要及 重要概述典籍外,另有 Online Mendelian Inheritance in Man (http:/ /omim.org)和美国 ACMG 可概述。 ACMG 概要将表征亚基疾毒感染的层次统称疾原、疑 似疾原、用药意义未明、假造良特质和良特质 5 个层次。 调查刊告里可不所列与特质疾病常为肝癌(如 FAP、Lynch 财金 合征等)系统特质的疾原以及假造疾原表征,并对表征 的疾毒感染开展研究详述了[28] 。

意义推断亚基的妥善出口处理

无论是细胞分裂核 特质状异,或是胚系特质状异,都发挥都以用意义推断亚基。 唯疑 室均需制定系统特质财政政策用来确定是否调查刊告或者不调查刊告 用药意义推断的亚基,并都以成详述和概述索引, 并且要在调查刊告里注明本唯疑室出具用药调查刊告的 规则。

DPYD 测定常为果

里等代谢型患儿,可不基于 活特质分值降高是从高剂量;快代谢型可不尽量避免采用氟化物尿嘧 鸟嘌呤及其前体制剂。 UGT1A1 测定常为果里,UGT1A1∗28 和∗6 为纯合表征型或双杂合表征型的患儿可不降高 伊立替康的高剂量,引荐高剂量为 150 mg / m2 。

高原子量特质状异常为果的妥善出口处理

对采样开展 NGS 巡查 测时如用到较高原子量的特质状异常为果( 往往其解剖学采样高于 5%,肝脏采样高于 1%或高于测定 LoD)时,建 议财金合特质评核 NGS 唯疑平台特质能、化学合并成深度以及 细胞核比例等因素财金合特质考虑。 之外对于抗疾毒疾人相 关的基因多肽建议采用其他测定新方法开展再进一步释明 确认(如 Sanger,dPCR 等)。

知情同意

建议给予患儿手写或者该软件国际版的知情书。

调查刊告堆栈

唯疑室可不根据测定项目,给出对可不 的测定调查刊告堆栈(表 7),并形并成 SOP 文件。 堆栈里 可推断确所列测定调查刊告里可不给予的文档,如患儿也就是说 文档、采样文档、测定文档、测定常为果、常为果解释、唯 疑室文档、测定新方法的局限特质以及其他内容等。

原始原文

里国抗癌协会抗疾毒疾人专业委员会.常为肝癌小分子测定高通量化学合并成里国科学家一致意见 .用药学杂志 2021 年 3 月第 26 卷第 3 期 Chinese Clinical Oncology,Mar. 2021,Vol.26,No.3

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